在自然界中，物种共生是一种非常普遍的现象。在生态农业系统中如何选择和匹配好这种关系，发挥生物种群间互利共生和偏利共生机制， 使生物复合群体共存共荣，是人工生态系统建造的一个关键。例如， 人们很早就发现农作物与豆科植物种植在一起要比单作时有更高的产量，这其实是利用了豆科植物与固氮细菌的共生关系;造林时应用接种过 菌根真菌的幼苗，营造混交林如东北地区的落叶松和水曲柳的混交 林，以及东北次生林的改造方法——栽针保阔等;农林复合经营方面，如长白山区的林参结构、河北的枣粮间作、河南的桐粮间作、江浙地区的杉粮间作等，都取得了很好的效益。

实践证明，在鱼池四周的堤埂及闲散空地上,接茬种植几种优质饲草，在浅水底种稗草，可以解决池塘养鱼生产中青饲料均衡供应问题。据 试验，每生产lkg鱼，若单一用粮食饲料喂养,需耗用lkg以上的蛋白质 词料，而辅之以优质饲料养鱼，则不到0.6kg。同时每100kg鲜草转化为 鱼类的粪便肥水，可带养出鲢鱼1.5kg。在同样的鱼塘面积和管理条件 下，通过种草养鱼，可提高经济收入三成以上。

现代传统农业经营中，化学农药的滥用是一个重要方面。生态农业强调化学农药的合理使用，并力求利用自然生态系统中的捕食和寄生 关系来控制虫害和病害的发生，已有了许多成功的范例。我国一些林区通过益鸟保护和招引工程来控制林木害虫的发生已取得了良好的效果。